20XX年世界中で生物兵器『ブラック・マター』による被害から2年。世界はまだ少し爪痕を残しながらもすこしずつ元の平和を取り戻しつつあった。 主人公、小林 有佳理<こばやし あかり> 明るい普通の高校2年生。(ただしアホの子)そんな彼女はごく普通の生活を送っていた。 しかし、ある日彼女の通う高校に立て籠もり事件が起きる。そこから彼女の運命は非日常へと引き込まれていくのであった。
白い部屋で暮らすボクはある日、手紙を受け取った。『私、飛鳥。中3よ。たぶんアナタより二つ年上だと思う。毎日、アナタの部屋の前を通ります。いやじゃなければ顔を見せて』と、書かれていた。その日からボクは彼女が部屋の前を通るのを待った。そして何でも話せる友達になったボク等は、飛鳥の誕生日に部屋を抜け出してしまった。それは絶対にやってはいけない事だった。