主人公、八雲羽立は(やくもうりゅう)日本の学生。彼は極東大戦と呼ばれる大激戦の国内で片思いの女性を亡くし、市民軍の一員として敵軍と戦うが、北海道防衛に努めている最中に重傷を負ってしまう。 何とかタイミングよく到着した援軍に救出され、手当を受けるも時すでに遅く衰弱。彼をよく知っていた陸上自衛隊員が、「海に還してほしい」という彼の願望を叶える。 しかしその時、渦潮が発生。彼の体は水中へのまれ、海底へと消えていく。 真っ暗な幻想の先に見える光と、その先から聞こえる誰かの声にひかれた彼は目を覚ます。すると、そこにはセーラー服のようなものを着た「駆逐艦」が自分を心配そうにみつめていた。 彼女(艦娘)たちを理解し、自分がおかれている状況と謎を追いながら彼は彼女たちと共に深海棲艦と呼ばれる未知と戦うこととなる。 その先に彼が求める真実があるのか、そして艦娘とはなんなのか。
アレックスに触れられるたびに私の心は乱れていく…。魔性の美しさを誇る”ホーク”はきっと私を手に入れたら最後、離れていくに違いない…。だって私は娼婦だから…。どんなに想っていても混血の私が英国貴族のましてや公爵夫人になどなれるわけがない…。