『地球連邦国のとある旧家に生まれた主人公クラノス、彼はヒトの変異体であるアトロフィクスだった。 周囲の反対を押し切り、地方軍の重機歩兵部隊(ロボット部隊)へ志願し、クラノスはそこで「ユニットE81」の指揮官となる。しかしそこで戦う相手は更に変異が進み、凶暴化した敵国のアトロフィクス兵だった。彼らを更に戦闘に特化させようと太陽系中が動き始め、アトロフィクスもそうでない者も巻き込み次第に戦いは激化していく。』 【1章・存在しない娘】州警察の協力要請を受け現場へ到着した主人公率いるロボット部隊E81。犯人はロボット乗って民家を襲い、そのまま人質をとって立てこもっている。犯人の中には不祥事の末に取り潰された旧財閥の末裔も含まれているという。軍は娘の持つ生体情報を手に入れる為、犯人を必ず生きたまま拘束し連れ帰るようE81に命令する。
交流祭を終えたロイドだったが、依然としてラッキースケベ状態ゆえの女難に見舞われ、エリルたちの猛攻が始まろうとしていた。 一方、アルハグーエの手によってバラまかれた力によって多くの悪党やテロ集団であるオズマンドが行動を開始して――