美術部員一人だけとなった文兎は気分転換に母校の小学校へと足を運ぶ。 自ら描く絵のポーズを決めようと教室を回っていると、六年前、当時小学五年生のころを曖昧に思い出すが多くが欠落しており、いつしかその空白を埋めようと記憶を頼りに自分だけの『秘密基地』を探す。 文兎は記憶の果てに誰も知らないような木造建ての建物へと行き着く。 そこで文兎は真冬なのに薄着の少女と出会った。 その少女は文兎へと言う。 「ひさしぶり」と。 二人の止まった時間は、やがて溶けるように動き出す。
主人公、牛丸守には過去があった。 もう努力をしないーーーーそんな、彼がある出会いで心を動かされていく。彼女のの名は……
彼は間に合わなかったかもしれないが、諦めることはしなかった。僕はその情熱に敬意を表して、奇蹟と名付ける。