仮想幕末を舞台にした日帝国の陰陽師、玉依奏炎。陰陽師の軍隊に入隊した彼は、極秘裏の任務を負う零番隊の隊長となる。そんな彼に与えられたのは、近頃都を騒がせている殺人犯の調査。 奏炎は、その犯人が強大な力を秘めた妖だと気付く。 そして事件の背景には、悲しすぎる妖の物語が隠されていた… 「ある事情」から妖に同情を抱く様になる奏炎だが―――？
