特別な家系に生まれた主人公、風宮ツグル。彼の家系は代々親から「印」と呼ばれるお札を授かる。これを使うことで、所有者は「印」の能力を引き出すことができる。風宮家は遥か昔よりこの世界の秩序を守るためにその能力を使ってきた。ツグルはこの「印」を疎ましく思っていたが、ある日1人の少女が現れて……。
人類は太古より異形の存在と戦い続けていた。 その中でも先頭に立っていたのはウィッチと呼ばれる十代の少女達であった。 異形の存在は1900年代、急速に発達、進化し、人類を脅かす程になった。 この進化した異形の存在を特にネウロイと呼ぶ。ネウロイは欧州を中心に攻撃を始めたが、約百年程度で数多のウィッチと通常兵力の猛反撃を受け、人類は多大なる被害を受けながらもアフリカへとネウロイを追いやる事に成功した。 だがアフリカ、ユーラシア大陸の主要な地下資源は奪われ、また、ネウロイも殲滅できていない。 世界各地でネウロイの動きも活発化する。 これは、そんな時代を生きる二人の物語である。
科学は伝承されていく… 形を変えて。ただ一人に… 時ははるか未来。 そんな時に世界は恐怖に包まれる。 ―――太陽系の移動――― それは突如としてはじき出された結果だった。 はるか未来とはいえ、人類が住むことのできる星は未だ行くことのできない遠いところのみ。 そんな時であった。 日本はある国家事業を開始する。 ~科学ノ伝承ノ儀~ この人類の繁栄によって得た知識をたった一人に受け渡そう。 全てを…