中3の晶は、隣家に住む美和と親しくなった。その1年後、中3になった美和は、地域で最も難しい中高一貫校の生徒でありながら高校受験したいと言い出した。
春の暖かさを感じる夜の神社で「それ」は「墨丸」を見つける。 ただ風が通り過ぎるだけの境内で、彼らはぽつぽつと語り合う。 話していく中で彼らは怒り、悲しみ、慈しみ、共感し、解放する。 神社に囚われている「それ」とは何か。死に場所を探しに来たと言う「墨丸」の過去とは。 夜の神社×人外の和風哲学奇譚。
C国共産党員の息子、関飛雲は戦闘機パイロットに憧れ数年で天才パイロットになったが、その後死ぬのが怖くなり日本に亡命した。その時、ウイルス研究員の村田と運命的な出会いをする。 しかし村田は、関などに構ってはいられなかった。村田は、史上最強最悪のウイルスを開発したのだ。そしてそのウイルスを使って人類絶滅を図った。