この学園には、二種類の生徒がいる。 普通課と戦闘課だ。 戦闘課は町や学園に襲いかかる魔物を退治す役割を持つ彼等には、 胸元に バッジを着けており、普通課生徒達の憧れの的だ。 普通課に属する女子生徒 美月茜はひょんな事で戦闘課に スカウトされるが持ち前のマイペースで、周りを混乱させて行く。
絶望を食らう残忍なインプが、気の良いトロルに捕まえられて、リンゴの木の上に囚われる。 丘のてっぺんに立つリンゴの木の上で、動けなくなったインプが見つめるのは、妖精でありながら人間を守ろうとする、妖精なのに人間を愛する、心優しいトロルの姿。 トロルと人間たちが少しずつ歩み寄る姿を瞳に映して、インプは何を思うのだろうか。 そしてある時、決して誰も望まなかった変化が、彼らを襲うことになる。
人類は太古より異形の存在と戦い続けていた。 その中でも先頭に立っていたのはウィッチと呼ばれる十代の少女達であった。 異形の存在は1900年代、急速に発達、進化し、人類を脅かす程になった。 この進化した異形の存在を特にネウロイと呼ぶ。ネウロイは欧州を中心に攻撃を始めたが、約百年程度で数多のウィッチと通常兵力の猛反撃を受け、人類は多大なる被害を受けながらもアフリカへとネウロイを追いやる事に成功した。 だがアフリカ、ユーラシア大陸の主要な地下資源は奪われ、また、ネウロイも殲滅できていない。 世界各地でネウロイの動きも活発化する。 これは、そんな時代を生きる二人の物語である。